No módulo Folha de Pagamento ao Gerar o Relatório Relação de Funcionários com Imposto de Renda na Fonte não gera todos os funcionários.
Isso pode estar ocorrendo pois a data da posição conforme tela abaixo não está sendo o último dia do mês.
Para correção, altere esta data para o último dia do mês e gere novamente o relatório.