1. Confira os valores negativos na folha de pagamento através do menu Consultas > Ficha Financeira > Valores Negativos.
2. Se tiver valor negativo no desconto do imposto de renda retido na fonte, mesmo estando certo o valor negativo devido ao recálculo dos valores, deve ser zerado o VDB de imposto de renda.
2.1. Para o eSocial não poderá ter esta informação com o valor negativo, assim este valor que havia sido calculado que era devolvido ao funcionário na folha será restituído ao funcionário quando fizer a declaração de pessoa física.
3. Zere o VDB de Desconto de IRRF através dos lançamentos por contrato e informe o VDB com valor zero.
3.1. Se ocorrer a mensagem que este não aceita lançamentos, acesse o cadastro do VDB através do menu Arquivo > Tabelas da Folha > Vencimentos e Descontos, localize o VDB e no campo Tipo de Informação aceita que está como não aceita informe 'valor'.
Dúvidas na alteração do VDB, acesse o artigo Como Criar e Alterar VDB.
3.2. Para folha de pagamento consolidada acesse no menu Consultas > Ficha Financeira > Por Contratos, na Guia VDBs substitua o VBD por outros de Vencimentos, zerado o VDB de imposto de renda negativo e ajuste os VDB de Total de Vencimentos e Total de Descontos. Deverá Complementar o DARF recolhido a menor.
ATENÇÃO: Não deve ser zerado o VDB de base de IRRF, Base INSS e de Base FGTS, deve tratar os vencimentos e descontos que ocasionaram os valores negativos.
Como resolver esta situação acesse: Como Ajustar Base IRF Negativa