Anteriormente as Compensações eram realizadas através da SEFIP.
Com a implantação do eSocial e DCTFWEB os procedimentos foram alterados sendo necessário utilizar o programa PerdComp.
No manual da DCTFWEB página 60 tem mais esclarecimentos sobre as Compensações.
Orientação colhidas do Sítio da Receita Federal do Brasil (RFB)
Contribuintes do eSocial
Os contribuintes do eSocial, que estão obrigados a entregar a DCTF Web, também poderão por meio do PER/DCOMP Web:
Compensar débitos previdenciários oriundos da DCTF Web, sendo que os saldos a pagar dos débitos apurados serão importados automaticamente da DCTF Web para o PER/DCOMP Web, limitando a compensação a esses valores;
Fazer pedido de restituição ou declaração de compensação informando crédito de pagamento indevido ou a maior de eSocial, ou seja, pagamento do Darf gerado pela DCTF Web em duplicidade ou que se tornou indevido em razão de retificação da DCTF Web;
Realizar a compensação cruzada, ou seja, compensar débitos fazendários com créditos previdenciários e vice-versa, desde que tanto o crédito quanto o débito sejam apurados a partir de agosto de 2018.
Fonte: RFB
Fique atento ao Cronograma de Implantação do eSocial
http://portal.esocial.gov.br/noticias/publicado-novo-cronograma-do-esocial
As informações enviada por parte da Metadados é as exigidas pelo eSocial, de forma que se as informações estão corretas no eSocial, referente a DCTFWEB será necessário analisar junto a RFB.