Primeiramente você deve instalar o certificado na mesma máquina em que estiver instalado o serviço do eSocial. Para instalar um certificado verifique o guia instrutivo: Como instalar um certificado digital.
Depois de ter o certificado instalado, para associar o mesmo a uma empresa, siga o passo a passo:
1. Entre no Módulo eSocial, no menu Tabelas do eSocial > Certificados Digitais por Empresa
2. Na tela que exibir, selecione a empresa no canto inferior esquerdo clicando na lupa. Em seguida clique na lupa do lado direito e selecione o certificado que foi instalado.
*Caso já possua um certificado vinculado à empresa, desvincule-o para após informar o novo. Selecione a empresa desejada e clique no 
. Depois realize o processo de vinculação com o certificado válido.
3. Por fim, salve clicando no ícone 
na barra superior da tela.
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