Primeiramente você deve instalar o certificado na mesma máquina em que estiver instalado o serviço do eSocial. Para instalar um certificado verifique o guia instrutivo: Como Atualizar Certificados Digitais para o eSocial Diretamente no Banco de Dados.
Depois de ter o certificado instalado, para associar a uma empresa, siga o passo a passo:
1. No Módulo eSocial, acesse o Menu: Tabelas do eSocial > Certificados Digitais por Empresa.
2. Na tela que exibir, selecione a Empresa no canto inferior esquerdo clicando na lupa.
2.1. Em seguida clique na lupa do lado direito e selecione o Certificado que foi instalado.
3. Caso já possua um Certificado vinculado à empresa, desvincule-o para após informar o Novo.
3.1. Selecione a empresa desejada e clique no .
3.2. Depois realize o processo de vinculação com o Certificado válido.
3. Por fim, salve clicando no ícone na barra superior da tela.
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Como Atualizar Certificados Digitais para o eSocial Diretamente no Banco de Dados